Albuquerque était connu pour sa vision stratégique et son habileté militaire. L'une de ses premières missions importantes fut la conquête de Socotra et d'Ormuz, visant à contrôler l'entrée du golfe Persique. Cette prise était cruciale pour les Portugais, leur permettant de contrôler le commerce des épices et de renforcer leur présence navale en mer Rouge et dans l'océan Indien.
En 1510, Albuquerque conquit Goa, qui deviendra plus tard la capitale de l'empire portugais en Asie. Cette victoire était significative non seulement pour son importance stratégique et commerciale, mais aussi parce qu'elle a marqué le début d'une présence européenne durable en Inde. Goa est devenue un centre important pour le commerce des épices et a aidé à établir un monopole portugais dans la région.
Peut-être son exploit le plus audacieux fut la prise de Malacca en 1511. Cette ville était un carrefour commercial majeur, où se croisaient des marchandises d'Asie du Sud-Est, de Chine, d'Inde, d'Afrique et du Moyen-Orient. La prise de Malacca a non seulement renforcé le monopole commercial portugais mais a également permis à Albuquerque d'établir des relations diplomatiques avec des royaumes lointains, notamment la Chine.
Au-delà de ses compétences militaires, Albuquerque était également un administrateur compétent. Il a mis en place des politiques pour encourager le mariage mixte entre les Portugais et les populations locales, une stratégie visant à renforcer les liens culturels et politiques. Cette politique a eu un impact durable sur la culture et la société dans les territoires colonisés.
Malgré ses succès, Albuquerque a également été une figure controversée, souvent critiquée pour sa brutalité et son utilisation de la force. Sa conquête de Malacca, par exemple, a été marquée par la violence et la destruction.
Afonso de Albuquerque est décédé en 1515, lors de son voyage de retour au Portugal. Sa mort a marqué la fin d'une ère de conquêtes et d'expansions maritimes. Albuquerque est aujourd'hui reconnu comme l'un des plus grands stratèges navals de l'histoire et un acteur clé de l'âge d'or portugais. Son héritage continue d'influencer la perception de l'histoire coloniale portugaise et ses répercussions sont encore ressenties dans les régions qu'il a touchées.